みなし残業時間が月40時間くらいです。違法ではないのでしょうか？

法律では「みなし残業時間」に対する特別の規制はもうけられていません。
そのため、みなし残業時間を月40時間としても違法とは言えません。

ただし、みなし残業とは、単に毎月一定の時間の残業をしたとみなしてその分の残業代（みなし残業代）を含めた賃金を支払うという合意をしているに過ぎませんから、一般の残業時間についての規制が適用されます。

まず36協定を締結するときの原則的な残業時間の上限は、月45時間です。
特別協定を締結するとこれより多く残業をさせることができますが、その場合でも月100時間が上限となります。

また、特別協定を利用できるのは、あくまで臨時的に労働力が必要となるケースであり、常にみなし残業として月99時間などの長時間を設定して良いわけではありません。

みなし残業代を設定する場合には、基本給とみなし残業代を明確に区別する必要がありますし、就業規則等に明示する必要もあります。

また、みなし残業時間を超えて残業をした分の残業代については支払われなければならないため、今回のケースでは月40時間を超えた分の残業代は請求できます。

このような場合、まずは、弁護士にご相談をいただくことをお勧めいたします。